株式交換が行われた場合には、原則として当該株式交換取引により完全子会社となる会社の株主において譲渡益に対する課税が発生します。但し、法令で定められた一定の要件（税制適格要件）を満たす場合には譲渡益に対する課税が繰り延べられます。
合併において税務上問題となるのは以下3点となります。
また、税制適格要件を満たすかどうかで、適格合併と非適格合併に分けられ税法上の扱いも変わってきます。
原則として、会社分割で移転した資産の譲渡益を計上することとなります。但し、税制適格要件を満たす場合は適格分割となり、移転資産は帳簿価額で引き継がれるため、譲渡益に対する課税は繰り延べられます。
