M&Aの補助金とは？ 事業承継補助金の申請手順と成功のポイント

事業承継・引継ぎ補助金とは

事業承継・引継ぎ補助金は、中小企業が事業承継するタイミングで、さらなる成長や経営の革新に挑むことを支援するために設立された制度です。

近年の日本の中小企業では、経営者の高齢化や後継者の不足によって事業の継続が難しくなるケースが増加しています。この事業承継・引継ぎ補助金は、そうした課題の解消を目指し、後継者が新しい取り組みを開始する際の必要経費を支援するために設けられました。

なお、この助成金の対象となるのは主に中小企業や小規模事業者であり、M&Aを通じた経営資源の引継ぎにも活用できます。

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事業承継・引継ぎ補助金の3つの種類

事業承継補助金は支援の対象によって申請類型が異なり、経営革新事業、専門家活用事業、廃業・再チャレンジ事業の3種類に分かれています。

2024年10月時点の情報をもとに、2025年以降も引き続き同様の補助金募集が実施されると仮定してそれぞれ解説します。

経営革新

経営革新事業とは、事業承継をきっかけとして、設備投資や店舗借り入れ、販路開拓などに取り組む費用を補助するものです。

事業承継・引継ぎ補助金を経営革新事業で申請する場合は、補助額の上限は600万円に定められていますが、一定の賃上げを実施した場合にはその上限が800万円まで引き上げられます。

なお、補助金の補助率は原則として2分の1ですが、補助対象ごとに定められている要件を満たした場合には、補助率を3分の2まで引き上げることが可能です。

経営革新事業は、さらに次の3タイプに分かれます。

• 創業支援型（Ⅰ類）
• 経営者交代型（Ⅱ類）
• M&A型（Ⅲ類）

「事業承継・引継ぎ補助金（経営革新）」では、各支援型の申請時に次の要件を定めています。

創業支援類型（Ⅰ類）

創業支援型とは、創業をきっかけに、他の事業者が保有していた経営資源（設備や顧客、従業員など）を引き継ぎ、創業する中小企業や小規模事業者を対象とする補助金です。
申請要件は次のとおりです。

• 事業承継対象期間内における法人（中小企業者）設立、又は個人事業主としての開業
• 創業にあたって、廃業を予定している者等から、株式譲渡、事業譲渡等により、有機的一体としての経営資源（設備、従業員、顧客等）の引き継ぎ
  ※設備のみを引き継ぐ等、個別の経営資源のみを引き継ぐ場合は原則該当しない

経営者交代類型（Ⅱ類）

経営者交代型とは、事業承継をきっかけに、経営革新などに取り組む小規模事業者や中小企業を対象とする補助金です。経営している法人の代表者が交代するケースなどがこの補助金の主な対象となります。

令和4年度第2次補正予算から、一定要件を満たす場合は「未来の承継」として、後継者候補による承継前の取り組みも支援の対象となりました。
申請要件は次のとおりです。

• 親族内承継や従業員承継等の事業承継（事業再生を伴うものを含む）
• 産業競争力強化法に基づく認定市区町村又は認定連携創業支援事業者により特定創業支援事業を受ける者等、経営等に関して一定の実績や知識等を有している者であること

M&A類型（Ⅲ類）

M&A型とは、M&A（株式譲渡や事業譲渡など）をきっかけとして経営資源を引き継ぎ、経営革新に取り組む中小企業・小規模事業者を対象とする補助金です。同業他社や取引先などの経営資源を引き継ぎ、事業再編や事業統合を目指すケースが挙げられます。親族内承継は対象外となります。

申請要件は次のとおりです。

• 事業再編・事業統合等のM&A
• 産業競争力強化法に基づく認定市区町村又は認定連携創業支援事業者により特定創業支援事業を受ける者等、経営等に関して一定の実績や知識等を有している者であること

なお、第8次公募からは、複数の中小企業を子会社化し、組織再編によって企業グループ全体の生産性を向上させる目的で行われた投資に対しても、この補助金が活用できるようになりました。子会社化に際して補助金を申請する場合は、「グループ申請」により申請を行います。

なお、グループ申請では、承継者となる親会社1社に対して、最大4社までの子会社で共同申請が可能です。これにより、グループ全体での組織再編によるシナジー効果の創出も期待されます。

専門家活用

専門家活用事業とは、M&Aに関わる費用を補助するものです。経営革新事業のM&A型が承継後の取り組みを支援するのに対して、専門家活用事業では、事業承継における専門家の助言を受けるための経費など、承継前の引き継ぎに関する費用の支援を行います。

対象は、M&Aにより経営資源を他の人から承継する取り組みを進めている、もしくは、これからM&Aにより事業を売却しようとする中小企業や小規模事業者です。

なお、専門家活用の場合の補助金の上限額は600万円と定められています。ただし、M&Aが未成約の場合は、支給額が半額の300万円となります。（※）

専門家活用事業は、次の2タイプにさらに分かれます。

• 買い手支援型（Ⅰ型）
• 売り手支援型（Ⅱ型）

「事業承継・引継ぎ補助金（専門家活用）」では、各支援型の申請時に次の要件を定めています。

買い手支援類型（Ⅰ型）

買い手支援型の対象となるのは、事業再編・事業統合に伴い経営資源を譲り受ける予定の中小企業などです。M&Aの買い手が専門家に支払った費用の一部が補助されます。

なお、買い手支援型の補助率は一律で、専門家に支払った費用の3分の2以内と定められています。

申請には、次の2つの要件を満たさなければなりません。

• 事業再編・事業統合等に伴い経営資源を譲り受けた後に、シナジーを活かした経営革新等を行うことが見込まれること
• 事業再編・事業統合等に伴い経営資源を譲り受けた後に、地域の雇用をはじめ、地域経済全体を牽引する事業を行うことが見込まれること

売り手支援類型（Ⅱ型）

売り手支援型の対象となるのは、事業再編・事業統合に伴い自社が保有する経営資源を譲り渡す予定の中小企業等です。

申請には、次の要件を満たす必要があります。

• 地域の雇用をはじめ、地域経済全体を牽引する事業等を行っており、事業再編・事業統合により、これらが第三者により継続されることが見込まれること

売り手支援型に対する補助金の補助率は、専門家に支払った費用に対して基本的に2分の1以内と定められています。ただし、一定の要件を満たした場合に限り、補助率を3分の2まで引き上げることが可能です。

廃業・再チャレンジ事業

廃業・再チャレンジ事業とは、事業承継に伴う廃業にかかる、廃業支援費や解体費などの費用の一部を補助するものです。補助には上限が設けられており、補助率は3分の2以内、補助金額の上限は150万円です。

廃業・再チャレンジ事業の対象には、M&Aが不成立に終わったときの廃業登記費や在庫廃棄費、解体費などが含まれます。また、経営革新事業や専門家活用事業と同様に、廃業・再チャレンジ事業においても個人事業主の申請は可能です。
廃業・再チャレンジ事業は、さらに次の2タイプに分けられます。

• 併用申請型
• 再チャレンジ申請型（単独申請）

併用申請型

併用申請型は、経営革新事業や専門家活用事業と併用申請が可能なタイプです。経営革新事業でも専門家活用事業（買い手支援型）でも、譲り受けた事業の全部もしくは一部を廃業する場合に申請できます。

また、専門家活用事業の売り手支援型とも併用可能です。M&Aなどにより事業を譲渡した後に、残った事業を廃業する際にも申請できます。

再チャレンジ申請型（単独申請）

再チャレンジ申請型は、M&Aなどで事業の譲り渡しに着手したものの成約に至らなかった事業者が、地域における新たな雇用創出や経済活性化にチャレンジするために、既存事業を廃業する場合に申請できる補助金です。

会社を廃業するために必要な廃業登記や在庫処分にかかる費用、建物や設備の解体費や原状回復費用が対象となります。

事業承継・引継ぎ補助金申請の申請から交付までの流れ

事業承継・引継ぎ補助金の申請から交付までの流れは、次のとおりです。

1. 補助対象事業の確認
2. 申請枠の要件確認
3. 認定経営革新等支援機関へ相談
4. gBizIDプライムアカウント発行
5. gBizIDから交付申請・交付決定通知
6. 補助対象事業の実施・実績の報告
7. 補助金交付

M&Aにおいては、デューデリジェンスなどで想定よりも期間が長くなる可能性があります。事業承継・引継ぎ補助金には、年に数回の締切日が設定されているため、申請の流れを踏まえたうえで、余裕を持った計画立案が必要です。

補助対象事業の確認

事業承継・引継ぎ補助金を利用する場合は、まず自身の事業が補助対象に該当するかどうかを確認します。事前に公募要領を確認し、補助対象事業や自身が申請すべき交付申請類型への理解を深め、どのような事業が補助対象となるのかを検討しましょう。

なお、令和6年度の公募要領は、「事業承継・引継ぎ補助金事務局の公式サイト」からダウンロード可能です。

申請枠の要件確認

事業承継・引継ぎ補助金の申請枠が決定したら、申請の要件を満たしているかを確認します。申請枠ごとの要件には、次の3つが設定されています。

• 対象事業者
• 対象事業
• 事業承継

すべての要件を満たした状態であるかを確認しましょう。なお、具体的な要件については、上述の「事業承継・引継ぎ補助金事務局の公式サイト」からダウンロードできる公募要領に記載されていますので、こちらもあわせてご覧ください。

認定経営革新等支援機関へ相談

事業承継・引継ぎ補助金の申請枠のうち、「経営革新事業」または「廃業・再チャレンジ事業」では、認定経営革新等支援機関への相談が必要です。
これらの申請枠では、事業再編・事業統合の内容について認定経営革新等支援機関の審査を受けます。
審査に合格した場合、「確認書」の交付を受けて事業承継・引継ぎ補助金の申請を行います。
なお、専門家活用事業に申請する場合は、認定経営革新等支援機関への相談は不要です。

gBizIDプライムアカウント発行

申請枠が決まれば、gBizID（ジービズアイディー）プライムというアカウントの発行手続きを行います。gBizIDとは、国内の行政サービスの認証に利用されるシステムです。gBizIDを取得すると、1つのIDとパスワードでログインし、オンライン上の手続きができるようになります。
gBizIDプライムは、法人代表者や個人事業主向けのアカウントです。申請から発行までにかかる期間は、通常であれば1週間程度です。ただし、状況により2〜3週間かかる場合もあるので、必要となる時期から逆算して計画的に取得することが大切です。
なお、個人事業主や法人代表者によるgBizIDプライムのアカウント登録には、次のものが必要となるため、事前に準備しておきましょう。

• 【共通】
• ・登録印
• ・パソコンなど申請用の端末と、法人代表者自身もしくは個人事業主自身のメールアドレス
• ・法人代表者自身もしくは個人事業主自身のSMSが受信できる、スマートフォンや携帯電話
• 【法人の場合】
• ・法務局が発行した印鑑証明書の原本（発行日より3ヶ月以内のもの）
• 【個人事業主の場合】
• ・地方公共団体が発行した印鑑登録証明書の原本（発行日より3ヶ月以内のもの）

gBizIDから交付申請・交付決定通知

gBizIDを取得したら、補助金申請用のサイト「jGrants」にアクセスし、電子申請によって交付申請に進み、必要書類を揃えて提出します。必要書類は申請枠によって異なるため、事前に公募要領を確認しましょう。
審査結果は、中小企業庁や事務局のホームページにおいて交付決定者が公表されます。また、 jGrantsにおいても、交付申請の採否結果の通知が届きます。通知を見逃さないためにも、交付決定のスケジュールを把握しておきましょう。

補助対象事業の実施・実績の報告

交付決定通知を受けた後は、補助対象事業を実施します。さらに、所定の手続きで実績報告を行いましょう。
なお、交付決定を受けた補助対象事業であるものの、対象期間外に契約や支払をした場合や、相見積もりを取る必要があるのに取らなかった場合には、補助対象経費として認められなくなるのでご注意ください。

補助金交付

適切な方法で実績報告が完了すれば、補助金が交付されます。補助金交付は、補助対象事業の完了後、精算払いとなります。
原則として、補助対象事業の完了から15日以内に実績報告書を提出すれば、実施した事業内容の検査と経費の内容確認が行われます。その後、事務局にて補助金額が確定し交付されます。
なお、経営革新事業で申請する場合は、事業化状況報告に加え収益状況報告も行う必要があります。実地検査が行われる場合もあるので、適切な経営を行い、検査に対応できるようにしておきましょう。

事業承継・引継ぎ補助金の審査を円滑に進めるためのポイント

事業承継・引継ぎ補助金では、加点されるポイントが詳細に設定されています。これらのポイントを満たしていると証明できる書類を提出することで、補助金の審査を円滑に進められます。

以下では、事業承継・引継ぎ補助金の種類ごとの加点ポイントについて、詳しく見ていきましょう。

経営革新事業

経営革新事業で申請する場合、加点ポイントと認められる項目は以下のとおりです。

• 「中小企業の会計に関する基本要領」又は「中小企業の会計に関する指針」の適用を受けている
• 「経営力向上計画」の認定、「経営革新計画」の承認又は「先端設備等導入計画」の認定書を受けている
• 「地域おこし協力隊」として地方公共団体から委嘱を受けており、かつ承継者が行う経営革新等に係る取組の実施地が当該地域（市区町村）である
• 「地域未来牽引企業」である
• 「健康経営優良法人」である
• 「サイバーセキュリティお助け隊サービス」を利用する中小企業等である
• 「（連携）事業継続力強化計画」の認定を受けている
• 申請者の代表者（予定を含む。）が「アトツギ甲子園」の出場者（地方予選を含む。）である
• ワーク・ライフ・バランス等の推進の取り組みを実施している
• 賃上げを実施予定であり、従業員に表明している
• これらに加え、創業支援型（Ⅰ類）に関しては、認定市区町村による「特定創業支援等事業」の支援を受けている
• また、創業支援型（Ⅰ類）・M&A型（Ⅲ類）の場合、第三者により補助対象事業となる事業承継の形態に係る PMI 計画書（100 日プラン等）が作成されている

専門家活用事業

専門家活用事業で申請する場合、加点ポイントと認められる項目は以下のとおりです。

• 「中小企業の会計に関する基本要領」又は「中小企業の会計に関する指針」の適用を受けている
• 交付申請時に有効な期間における「経営力向上計画」の認定、「経営革新計画」の承認又は「先端設備等導入計画」の認定書を受けている
• 「地域未来牽引企業」である
• 中小企業基本法等の小規模企業者である
• 「（連携）事業継続力強化計画」の認定を受けている
• ワーク・ライフ・バランス等の推進の取り組みを実施している
• 「健康経営優良法人」であること。
• 「サイバーセキュリティお助け隊サービス」を利用する中小企業等である
• 賃上げを実施予定であり、従業員に表明している

専門家活用事業の加点ポイントの多くは、経営革新事業と共通しています。とはいえ相違する項目もあるため、経営革新事業の加点ポイントと混同の無いように確認したうえで、申請手続きを進めてください。

廃業・再チャレンジ事業

廃業・再チャレンジ事業で申請する場合、加点ポイントと認められる項目は以下のとおりです。

• 再チャレンジする主体の年齢が若い
• 再チャレンジの内容が、「起業（個人事業主含む）」「引継ぎ型創業」である
• 賃上げを実施予定であり、従業員に表明している

事業承継・引継ぎ補助金の交付採択率

これまでに事業承継・引継ぎ補助金が交付された交付採択率は、公式サイトの「採択結果」で公開されており、その採択率は概ね60%前後となっています。

なお、令和6年度における交付採択率は、次のとおりです。

ご覧のように、採択率は比較的高めであるものの、申請すれば必ず採択されるというわけではありません。補助金が交付される確率を少しでも高められるように、手続きや事前の準備を慎重に着実に行うことが大切です。

事業承継・引継ぎ補助金を活用する場合の注意点　　

事業承継・引継ぎ補助金は通年公募型で実施されています。ただし、各公募時期には申請期限が設けられているため、いつでも応募できるわけではありません。

補助金の申請手続きや必要書類は多岐に渡るため、各公募ごとの申請期日を確認したうえで、抜け漏れが無いように適切な申請を行うことが大切です。

なお、具体的なスケジュールや手続きの内容・必要書類などについては、「事業承継・引継ぎ補助金の公式サイト」や、公募要領などを参照してください。

まとめ

事業承継・引継ぎ補助金は、事業継承や、M&Aによるさらなる成長を支援するための補助金制度です。後継者不足や経営者の高齢化が進む中、この制度を活用することで、事業の継続や発展が実現しやすくなるでしょう。

M&Aキャピタルパートナーズでは、こうした補助金の活用を含め、スムーズな事業承継やM&Aの実現をサポートしています。経験豊富な専門家が、個別のニーズに合わせた提案と支援を提供し、将来に向けた最適な経営資源の引継ぎをお手伝いします。事業承継やM&Aをお考えの方は、ぜひM&Aキャピタルパートナーズにご相談ください。