株式譲渡の留意事項一覧 実務で押さえたい手続き・契約実務・税務のポイントを解説

株式譲渡の留意事項一覧

株式譲渡では、検討段階から契約締結、クロージング、譲渡後に至るまで、各段階で確認すべき重要なポイントがあります。以下の表では、プロセスごとに主な留意事項をまとめました。次の章からは、各留意事項をカテゴリごとに整理して解説します。

会社法上の手続きに関する株式譲渡の留意事項

株式譲渡において会社法を厳格に遵守することは、取引の「法的有効性」を担保するための条件です。手続きが1つでも欠落すれば、譲受人は会社に対して「自分が株主である」と主張できず、多額の投資が無に帰すリスクがあります。

• 非上場会社では譲渡制限の有無を確認する
• 譲渡制限株式だった場合は期限内に承認手続きを行う
• 株券発行会社では株券の引渡しが必要
• 株主名簿の名義書換を行う必要がある

非上場会社では譲渡制限の有無を確認する

株式譲渡を行う際は、まず対象会社の株式が自由に譲渡できるものか、それとも会社の承認が必要な「譲渡制限株式」なのかを確認する必要があります。

上場企業の株式は原則として自由に売買できますが、中小企業を中心とする非上場会社では、株式に譲渡制限が課せられており株式の取得には取締役会や株主総会での承認が必要です。これは、望まない第三者が株主となって経営に関与することを防ぐためです。

また、特例有限会社（旧：有限会社）にも注意が必要です。特例有限会社は、法律上すべての株式について譲渡制限があるものとみなされるため、第三者へ株式を譲渡する際には会社の承認を得なければなりません。

株式譲渡を検討する際は、対象会社の定款や登記事項証明書を確認し、そもそも承認手続きが必要な会社かどうかを最初に見極めることが重要です。

譲渡制限株式だった場合は期限内に承認手続きを行う

対象会社の株式が譲渡制限株式だった場合は、当事者間で合意するだけでは足りず、会社所定の承認手続きを行う必要があります。承認機関は、取締役会設置会社では原則として取締役会、非設置会社では株主総会です。

また、譲渡承認請求に対して会社が2週間以内に通知しなかった場合、会社法上は譲渡を承認したものとみなされます。不承認とする場合には期限内の対応が必要であり、会社が譲渡を承認しないときは、自社での買取や指定買取人の指定なども求められるため、手続きを早めに確認して進めることが重要です。

株券発行会社では株券の引渡しが必要

株式譲渡では、対象会社が株券発行会社か株券不発行会社かによって、必要な手続きが異なります。株券不発行会社であれば、原則として当事者間の合意によって譲渡が成立します。一方、株券発行会社では、譲渡契約を結ぶだけでは足りず、実際に株券を交付しなければ譲渡の効力は生じません。

2006年5月の会社法施行以降に設立された株式会社は、原則として株券不発行会社です。ただし、それ以前に設立された会社のなかには、現在も株券発行会社のままとなっているケースがあります。

株券不発行会社だと思って手続きを進めた結果、実は株券発行会社で、譲渡の有効性が問題になるおそれもあるため、定款や登記事項証明書で早めに確認しておくことが重要です。

株主名簿の名義書換を行う必要がある

株式譲渡では、譲渡契約を締結しただけで終わるのではなく、株主名簿の名義書換まで行ってはじめて、買い手が会社に対して自らを株主であると主張できるようになります。名義書換が完了していないと、議決権の行使や配当の受領などに支障が生じるおそれがあるため、実務上きわめて重要な手続きです。

特に株券不発行会社では、会社法上、株主名簿の名義書換請求は原則として売り手と買い手が共同で行う必要があります。つまり、売り手の協力が得られないと、買い手単独では手続きを完了できません。一方、株券発行会社であれば、買い手が株券を提示することで単独請求できます。

こうした違いを踏まえ、株式譲渡契約書には、譲渡代金の支払いと引き換えに売り手が名義書換に必要な書類を交付する旨を明記しておくことが大切です。契約締結時点で、名義書換まで見据えた段取りを組んでおきましょう。

契約書や実務プロセスに関する株式譲渡の留意事項

株式譲渡の契約実務では、譲渡代金や対象株式数だけでなく、契約の法的有効性を確保し、取引後のトラブルを防ぐためのさまざまな配慮が必要です。ここでは、契約書やプロセスで特に押さえたいポイントを解説します。

• デューデリジェンス（DD）を徹底する
• 必要書類を漏れ無く正確に準備する
• 株式譲渡契約書の重要事項を確認する
• 株式譲渡契約書は締結後も適切に保管する

デューデリジェンス（DD）を徹底する

株式譲渡では、譲受人が対象会社の実態を正確に把握するために、財務・税務・法務・人事などを多角的に調査するデューデリジェンス（DD）が不可欠です。

デューデリジェンス（DD）を十分に行うことで、簿外債務や不適切な会計処理、契約未整備といった問題を把握でき、譲渡価格の妥当性や契約条件を適切に検討しやすくなります。

特に中小企業のM&Aでは、表面的な資料だけでは見えない論点が後から発覚することもあるため、必要な範囲で深掘りし、結果を表明保証や補償条項、価格調整条項などに反映させることが大切です。

必要書類を漏れ無く正確に準備する

株式譲渡を適法かつ円滑に進めるには、各段階で必要となる書類を漏れ無く準備することが欠かせません。

例えば、株式譲渡承認請求書、取締役会議事録または株主総会議事録、株式譲渡承認通知書、株式譲渡契約書、株式名義書換請求書、株主名簿などが代表的です。

書類に不備があると、手続きの遅延だけでなく、譲渡の有効性や株主としての地位を主張できるかにも影響するおそれがあります。必要書類は、譲渡制限の有無や会社の機関設計によって異なるため、自社の状況に応じて事前に洗い出しておくことが重要です。

株式譲渡契約書の重要事項を確認する

株式譲渡契約書では、譲渡価格や対象株式数だけでなく、譲渡を安全かつ円滑に進めるためのさまざまな条項を確認する必要があります。特に、契約締結後からクロージングまでの条件や、譲渡後にトラブルが生じた場合の責任分担に関わる条項は、実務上の影響が大きいポイントです。

クロージングまでに満たす前提条件を明確にする

M&Aにおいて、契約を締結してから実際の譲渡実行（クロージング）までには一定の期間が空くケースが少なくありません。

そのため、株式の移転や代金支払いといった当事者の義務を発生させるために、クロージングまでに満たすべき「譲渡実行前提条件（停止条件）」を契約書に明確に定める必要があります。

例えば、譲渡承認決議の完了、必要書類の受領、表明保証がクロージング日時点でも真実かつ正確であることなどが該当します。これらが満たされないままでは、株式の引渡しや代金支払いに進めないよう整理しておくことで、不十分な状態で取引が実行される事態を防ぎやすくなります。

前提条件をどこまで求めるかは案件ごとに異なるため、レビュー段階で丁寧に確認することが重要です。

表明保証条項（レプワラ）の範囲を適切に定める

表明保証とは、契約締結時や譲渡実行時において、対象会社の財務、法務、労務などの事実が「真実かつ正確である」と相手方に約束する条項です。

買い手にとっては、買収後に簿外債務や未払い残業代などの不測のリスクを回避するための重要な安全装置となります。一方、売り手にとっては保証内容に誤りがあれば将来の損害賠償責任を負うことになるため、過度に広い保証は避けるのが望ましいです。

網羅性だけを重視せず、また保証対象を主観的に評価せず、客観的な事実に絞り込み、あらかじめ認識しているリスクは例外事項として整理するなど、双方が納得できる現実的で適切な範囲設定を行うことが大切です。

契約違反時の責任範囲や解除条件を明確にする

相手方に契約違反や表明保証違反などがあった場合の損害賠償の範囲と、契約を解除できる条件を明確にしておくことが重要です。

買い手は、想定外の問題が発覚した際に確実に賠償を受けられるよう規定を整備する必要があります。一方、売り手は無制限に責任を負うリスクを避けるため、損害賠償額の上限（譲渡代金額など）や請求可能な期間（譲渡後1～3年など）を契約書に明記することが不可欠です。

また、契約から譲渡実行（クロージング）の間に深刻な問題が発覚した場合に備え、「前提条件が満たされない場合」や「重大な違反があった場合」にただちに契約を白紙にできる「解除事由」を具体的に定めておく必要があります。

必要に応じて競業避止義務の有無を確認する

株式譲渡では、売り手が譲渡後に同種事業を立ち上げたり、既存顧客を奪ったりすることで、買い手が取得した企業価値が損なわれるおそれがあります。そのため、案件によっては競業避止義務を設けることがあります。

もっとも、すべての案件で一律に必要となるわけではなく、売り手が譲渡後も同業で活動する可能性があるか、顧客基盤やノウハウの流出懸念があるかなどを踏まえて検討することが大切です。条項を設ける場合は、期間・地域・対象事業の範囲を過度に広げすぎず、実態に応じた内容にすることが求められます。

COC条項（チェンジ・オブ・コントロール条項）の有無を確認する

株式譲渡では法人格自体は変わらないため、資産や負債、従業員との雇用関係、取引先との契約関係も原則としてそのまま維持されます。ただし、重要契約にCOC条項がある場合は異なります。

COC条項とは、M&Aや支配権の移転が生じた際に、契約相手による事前承諾や通知を求めたり、契約解除を認めたりする規定のことです。これを見落としたまま株式譲渡を実行すると、買収直後に主要取引先との契約が終了し、事業継続に支障が出るおそれがあります。そのため、DDの段階でCOC条項の有無と影響を確認し、必要に応じて事前協議や承諾取得を進めておくことが重要です。

株式譲渡契約書は締結後も適切に保管する

法人が当事者となって株式譲渡契約書を作成・締結した場合、法人税法の規定により、契約書の原本を「原則として7年間」保管する義務があります。また、その事業年度において欠損金が発生している場合には、保管期間が「10年間」に延長されるため、特に注意が必要です。

M&Aの実行後に、対象会社に隠れ負債が見つかるなどの「表明保証違反」が発覚し、損害賠償請求や契約解除のトラブルに発展するケースは少なくありません。そうした有事の際に、両者が合意した条件を証明する重要な証拠となるのが「株式譲渡契約書」です。税務調査や社内監査で提示を求められる可能性もあるため、原本や締結データを紛失しないよう、社内で保管体制を整えておく必要があります。

株式譲渡の税務上の留意事項

株式譲渡に伴う税務上の取扱いは、売り手が個人か法人かによって異なり、また譲渡方式や対価の形態によっても課税関係が変わります。ここでは、実務で特に注意すべき税務上のポイントを整理します。

• 譲渡益は課税対象となる
• 無償譲渡や低廉譲渡は想定外の課税リスクが生じる可能性がある
• 契約書の内容によっては印紙税が必要
• 消費税の取扱いにも注意する

譲渡益は課税対象となる

株式譲渡で利益が出た場合、その譲渡益には税金がかかります。売り手が個人であれば、原則として申告分離課税により所得税15%、復興特別所得税0.315%、住民税5%を合わせた20.315%が課されます。法人が売り手の場合は、譲渡益も他の所得と合算して法人税等の対象になります。

税額は「譲渡価額－（取得費＋仲介手数料等）」で計算した譲渡益にかかりますが、過去の資料がなく取得費を証明できない場合、譲渡価額の5%を「概算取得費」として計算するため、本来より税負担が大幅に増えるリスクがあります。譲渡価格だけでなく、取得時の資料や仲介手数料の整理も早めに進めておくことが大切です。

無償譲渡や低廉譲渡は想定外の課税リスクが生じる可能性がある

法人間取引では「時価」での譲渡が原則です。そのため、対価をまったく受け取らない「無償譲渡」や、適正な時価よりも著しく低い価格で譲渡する「低廉譲渡」を行った場合、売り手と買い手の双方に想定外の税務リスクが生じる可能性があります。

法人が時価よりも安く株式を譲渡し、税務調査において「時価と実際の譲渡額の差額」を買い手に無償で渡したとみなされた場合、売り手側は差額を「寄附金」として処理され、損金算入限度額を超えた部分に法人税が課せられます。一方の買い手側も、得をした差額分が「受贈益」と認定され法人税が課税されます。

親族間やグループ内取引では価格を柔軟に決めたくなる場面もありますが、税務上は「なぜその価格なのか」を説明できることが重要です。第三者算定や時価の根拠資料を用意し、恣意的な価格設定と見られないようにしておきましょう。

契約書の内容によっては印紙税が必要

株式譲渡契約書は、印紙税法で定められた「課税文書」に該当しないため、原則として収入印紙を貼付する必要はありません。事業譲渡などの契約書では印紙税がかかるケースが多いものの、株式譲渡の場合はこのコストを抑えられるという特徴があります。

しかし、原則不要であっても、株式譲渡代金の前払いや手付金など、既に代金の授受があり、契約書のなかに「代金を受領した」旨が記載されている場合は例外です。この場合、株式譲渡契約書が代金の「受取書（第17号文書）」としての性質も持つことになり、記載された受取金額に応じた収入印紙の貼付が義務付けられます。

消費税の取扱いにも注意する

株式の譲渡自体は消費税の非課税取引であり、株式そのものに消費税はかかりません。一方で、M&A仲介手数料やアドバイザリー費用などには、通常どおり消費税がかかります。また、株式譲渡は非課税売上として課税売上割合の計算に影響するため、譲渡額が大きいと仕入税額控除の額が変わり、結果として納付消費税額に影響が及ぶことがあります。

国税庁も、有価証券の譲渡は原則として非課税売上にあたり、課税売上割合では一定の特例計算があることを示しています。取引規模が大きい場合は、法人税だけでなく消費税への波及も含めて事前に確認しておくのが安心です。

まとめ

株式譲渡は、譲渡価格や対象株式数を決めて契約を締結するだけでは完了しません。譲渡制限株式の承認手続き、株券発行会社かどうかの確認、株主名簿の名義書換、DD、表明保証やCOC条項、譲渡益課税、印紙税、消費税など、複数の観点から確認が必要です。これらを見落とすと、譲渡の有効性や株主としての地位、譲渡後の事業継続、税負担に影響するおそれがあります。株式譲渡を検討する際は、手続き・契約・税務の論点を整理し、必要に応じて専門家の支援を受けながら進めることが重要です。