総合課税と分離課税の違いとは？ メリット・デメリットとM&A時の手取り差まで解説

総合課税と分離課税

所得税の対象となる所得を意味する「課税所得」の計算方法には、総合課税と分離課税の2つがあります。イメージは以下のとおりです。

まずは、それぞれの概要を解説します。

• 総合課税とは
• 分離課税とは

総合課税とは

総合課税とは、課税所得を計算する際に、納税者が得た複数の所得を合算して税額を決める仕組みのことです。 給与所得や不動産所得など、所得税の対象となる一般的な所得を合計し、そこから山林所得・退職所得など後述する分離課税に該当する部分を除いた金額に対して税率を適用します。 所得は性質に応じて10種類に分類され、そのうちどれが総合課税なのか、どれが分離課税なのかを区分して取り扱います。

分離課税とは

分離課税とは、特定の所得を他の所得と合算せず、独立した計算方式で課税する仕組みです。 所得税は原則として総合課税ですが、特定の所得については例外的に単独計算を行い、その結果だけで税額を確定させます。分離課税は「源泉分離課税」と「申告分離課税」に分かれます。以下で簡単な事例を交えて順に説明します。

• 源泉分離課税とは
• 申告分離課税とは

源泉分離課税とは

支払者が、受取側の所得状況とは無関係に、あらかじめ税金を天引きして支払う方式です。この段階で所得税の納付が完了しているため、確定申告は不要です。
税率は、所得税・復興特別所得税の合計15.315%（国税）に住民税5%を加えた20.315%で、利子等の支払い時点で特別徴収（源泉徴収）されます。
もともとは預貯金利子の申告漏れや脱税対策として導入された制度で、現在も利子所得は源泉徴収された形で支払われます。

事例

例えば、銀行に100万円を1年預けて利息が1,000円となる場合、その1,000円には20.315%（203円）が自動的に源泉徴収され、税金控除後の797円が振り込まれます。確定申告は不要です。

申告分離課税とは

所得を得た本人が、自分で税額計算を行い、確定申告によって納税する方式です。
所得区分ごとに決められた税率を用いて税額を計算し、申告した内容に基づいて納税額が確定します。個人ごとの状況を反映させるため計算は複雑になり、源泉分離課税とは異なり、確定申告により税額を精算する方式です（所得の種類や取引状況によっては、確定申告が必要となる場合があります）。

事例

例えば、株式を50万円で買って、翌年80万円で売却し30万円の利益が出た場合、この30万円に対して申告分離課税（所得税・復興特別所得税の合計15.315%+住民税5%=20.315%）が適用され、60,945円の税額を確定申告で納めます。

対象となる所得と確定申告の要否

ここでは、総合課税と分離課税がどのように異なるのかを、対象となる所得と確定申告の要否という観点から整理して説明します。

• 対象となる所得の違い
• 確定申告の違い

対象となる所得の違い

総合課税と分離課税は、所得の種類によって明確に分けられています。
所得の区分と課税方法をまとめると以下のようになります。

総合課税の対象となる所得は、次のとおりです。

• 不動産所得
• 利子所得（国外利子など一部）
• 配当所得（総合課税を選択する場合）
• 給与所得
• 譲渡所得（ゴルフ会員権や金地金など）
• 一時所得（多くが該当）
• 雑所得（年金・講師料などの一般的な雑所得）

給与所得と不動産所得は、すべての所得が総合課税の対象となります。それ以外の所得は、内容によって分離課税になる場合があるため注意が必要です。
事業所得と一時所得、雑所得は、ほとんどが総合課税の対象ですが、一部対象外となっています。利子所得は、基本的に源泉分離課税で、国外の銀行口座の利子などは総合課税となります。
譲渡所得については、ゴルフ会員権や金地金などを譲渡した場合は総合課税の対象です。配当所得は基本的に総合課税ですが、上場株式などの配当に関しては、申告分離課税の選択も可能です。また、配当所得を源泉徴収する制度も活用できます。

分離課税の対象となる所得は、次のとおりです。

• 退職所得（源泉分離課税）
• 山林所得（申告分離課税）
• 利子所得（大半が源泉分離課税）
• 譲渡所得（土地・建物・株式の譲渡は申告分離課税）
• 配当所得（上場株式等の配当は申告分離課税を選択可能）
• 一時所得（5年以内の一時払い養老保険などは源泉分離課税）
• 雑所得（先物取引やFX取引などは申告分離課税）

退職所得と山林所得については、原則としてすべてが分離課税の対象です。
利子所得は基本的に源泉分離課税ですが、一部は総合課税になるため注意が必要です。譲渡所得は、土地や建物、株式の譲渡については申告分離課税となります。
配当所得は、上場株式等の配当については申告分離課税を選択可能です。事業所得、一時所得、雑所得は、ほとんどが総合課税ですが、先物取引や店頭FXなど「先物取引に係る雑所得等」については申告分離課税となります。
また、保険期間5年以下の一時払い養老保険金なども源泉分離課税です。

確定申告の違い

課税の方式ごとに確定申告の要否を整理すると、次のとおりです。

総合課税の場合

給与所得のみで年末調整で完結する場合などを除き、確定申告が必要となるケースがあります。

分離課税の場合

• 源泉分離課税は、原則として支払時点で課税が完結するため確定申告は不要です。
• 申告分離課税は、確定申告により税額を精算する方式です。（所得の種類や取引状況によって申告が必要となる場合があります）

また、申告分離課税の申告が必要な場合には、確定申告書の「第一表」「第二表」に加え、分離課税を記載する「申告書第三表（分離課税用）」の作成が必要になります。

総合課税と分離課税のそれぞれのメリット・デメリット

総合課税と分離課税は、それぞれ異なるメリット・デメリットがあります。
それぞれ順番に説明していきます。

• 総合課税を選択するメリット・デメリット
• 分離課税を選択するメリット・デメリット

総合課税を選択するメリット・デメリット

総合課税のメリット

①損益通算できる所得が多い

事業所得・不動産所得・雑所得・一時所得など、総合課税対象の中で発生した損失は、他の総合課税の所得と通算できます。これにより、赤字が出た年でも税負担を軽減できる場合があります。
例えば、不動産所得が赤字の場合、給与所得と通算して所得税が減額されます。

②各種控除が適用しやすい

基礎控除、扶養控除、医療費控除、社会保険料控除など、一般的な所得控除は総合課税の計算に直接反映されます。そのため、所得控除が大きいほど課税所得が減り、節税効果が高まります。

③配当控除が使える（上場株式等の総合課税選択時）

上場株式等の配当を総合課税で申告した場合、配当控除が利用でき、所得税・住民税の負担が下がるケースがあります。

総合課税のデメリット

①累進課税のため、所得が増えると税率が急上昇する

総合課税は5〜45%（所得税）+住民税10%の累進税率が適用されるため、所得が高い人ほど税率が重くなります。
例えば、給与所得等が大きい人が配当を総合課税にすると、税率45%が適用され逆に割高になる可能性があります。

②所得を合算することで、思わぬ税負担増が起きることがある

所得が複数あれば合算されて税率が上がるため、副収入がある人は追加の税負担が大きくなるため、注意が必要です。

③選択を誤ると分離課税より不利になる

配当や一時所得などは、総合課税と申告分離課税の選択で税額が大きく変わることがあります。
例えば、年収が高い人は配当を総合課税にすると税率が高くなるため不利になることがあります。

なお、累進課税の詳細について詳しく知りたい方は、以下の記事を合わせてご覧ください。

分離課税を選択するメリット・デメリット

分離課税のメリット

①累進課税の影響を受けず、一定の税率で計算される

株式譲渡益・上場株式配当・土地建物の譲渡益などは20.315%（所得税・復興特別所得税と住民税の合計）で計算され、どれだけ所得が増えても税率が変わりません。そのため、高所得者の場合、メリットといえます。

②所得が増えても他の所得に影響を与えない

分離課税は「独立計算」なので、給与所得が高くても株式譲渡の税率は一定のままです。そのため、他の所得の税率を引き上げることもありません。

③源泉分離課税なら確定申告が不要で手間がない

預貯金利子や特定の保険金などは支払時点で課税が完了し、申告不要。副収入が少額な人にとっては管理が楽となりメリットといえます。

分離課税のデメリット

①損益通算が制限される

多くの分離課税所得（株式・先物取引など）は、同じグループ内での損益通算はできても、総合課税の所得とは通算できません。これは大きなデメリットといえます。

②所得控除が適用されないケースが多い

分離課税部分は控除の影響を受けず、基礎控除等で節税しても分離課税の税額は減りません。この点もデメリットといえます。

③制度を誤解すると本来より高い税負担になる可能性がある

配当所得は総合課税・分離課税・申告不要の選択ができるため、どれを選ぶかで税額が大きく変わります。特に高所得者は申告方法を誤ると余計に税金を払うことがあるため、留意が必要です。

M&A時の留意点

最後に、M&Aにおいて必ず確認すべき点として、同じ金額を受け取る場合でも「どの所得区分に該当するか（課税方式が何か）」によって、手取り額が大きく変わることがあります。
特に、中小企業のオーナー経営者では、株式譲渡として受け取るのか、役員退職金として受け取るのか等の設計により、最終的な受取額が数百万円〜数千万円単位で変動するケースもあります。
以下では、代表的な具体例を2つ示して説明します。また、説明する際には便宜上、譲渡益の概算値を5億円、勤続年数を30年と仮定します。

• 事例①：株式譲渡（申告分離課税）の場合
• 事例②：同じ5億円を「役員退職金」として受け取る場合

事例①：株式譲渡（申告分離課税）の場合

1つ目のケースでは、中小企業のオーナーがM&Aにより自社株式を譲渡し、譲渡益が5億円発生したとします。
株式の譲渡益は原則として申告分離課税となり、所得税・復興特別所得税の合計15.315%+住民税5%の合計20.315%が適用されます。
このケースでは、税額は次のとおりです。

• 税額：5億円 × 20.315% ＝ 1億157万5,000円
• 手取り：5億円 − 1億157万5,000円 ＝ 3億9,842万5,000円

ポイントは、給与や事業所得など他の所得と合算されず、税率が一律（20.315%）で計算される点です。
そのため、譲渡益が大きい場合でも税負担が読みやすいという特徴があります。

事例②：同じ5億円を「役員退職金」として受け取る場合

2つ目のケースでは、M&A成立後にオーナーが退任し、会社から5億円を役員退職金として受け取る場面を想定します。
退職所得は、退職所得控除があること、控除後の金額が原則2分の1課税となることから、中小規模のケースによっては税負担が軽くなる場合があります。
一方で、退職金が大きい場合は、2分の1課税をしても課税対象額が高額になり、所得税は累進税率で計算されるため、株式譲渡（税率20.315%固定）より不利になることもあります。以下は計算イメージです。
まず、勤続30年の場合の退職所得控除は次のとおりです。

• 20年まで：40万円 × 20年 ＝ 800万円
• 20年超部分：70万円 × 10年 ＝ 700万円
  合計：1,500万円

次に、課税退職所得金額（概算）は次のとおりです。

• 課税退職所得金額：（5億円 − 1,500万円）× 1/2 ＝ 2億4,250万円

課税退職所得金額2億4,250万円に対する所得税は、速算表により次のように計算できます。

• 所得税：2億4,250万円 × 45% − 479万6,000円 ＝ 1億432万9,000円
• 復興特別所得税（2.1%）を加味すると、所得税等は約1億651万9,909円となります。

さらに、住民税（所得割）は一般に一律10%で計算されるため、概算では次のとおりです（均等割等は除外）。

• 住民税（概算）：2億4,250万円 × 10% ＝ 2,425万円

したがって、税負担の合計（概算）は約1億3,076万9,909円となり、概算の手取り金額は約3億6,923万91円となります。 このように、同じ「5億円」を受け取る場合でも、株式譲渡（事例①）と比べて、役員退職金のケースの方が、手取り金額が小さくなる可能性があることが分かります。
このように、M&Aでは株式譲渡対価・退職金等の受け取り方（所得区分）で手取りが大きく変わるため、具体的な金額を前提に、税理士等の専門家とシミュレーションしたうえで設計することが重要です。

なお、退職所得の詳細について詳しく知りたい方は、以下の記事を合わせてご覧ください。

まとめ

今回は総合課税と分離課税の違いについて説明しました。総合課税と分離課税のどちらを採用するかは、所得の種類によって明確に分けられているため、ルールを理解しておくことが大切です。

総合課税は複数の所得を合算して累進税率で課税されるため、損益通算や各種控除が反映されやすい一方、所得が増えるほど税率が上がり、合算による税負担増にも注意が必要です。分離課税は特定所得を独立計算し、株式譲渡益などは20.315%で税率が固定されるなど見通しが立てやすい反面、損益通算や控除の適用が制限されることがあります。M&Aでは、同じ金額でも株式譲渡益として受け取るのか、役員退職金として受け取るのかで、課税方式が変わり手取りが大きく変動し得ます。具体的な金額を前提に、税理士等の専門家とシミュレーションしながら設計することが重要です。

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