会社売却にかかる税金とは？ スキームごとの違いや節税方法を解説

会社売却にかかる税金

会社売却によって利益が出た際には、税金が課されます。会社売却には、株式譲渡もしくは事業譲渡が主に用いられますが、どちらを選ぶかによって、課される税金や課税方式、納税者などが異なります。

株式譲渡の場合（株主が個人）

株式譲渡の場合（株主が法人）

事業譲渡の場合（譲渡する側が法人）

会社売却では、どのスキームを選ぶかによって、最終的に手元に残る金額に大きな差が生じる可能性があります。さらに、買い手の意向や譲渡する資産の内容によっても、選択すべき適切なスキームは変わるため、多角的な検討が重要です。

株式譲渡による会社売却で発生する税金

株式譲渡による会社売却では、株主の属性によって、課される税金の種類や税率が異なります。

譲渡益に対する税金

株式譲渡によって得られる譲渡益は、課税の対象となります。株主が個人の場合と、法人の場合で、適用される税金や計算方法が異なります。

個人株主の場合

個人株主が株式譲渡によって利益を得た場合、その利益（譲渡所得）に対して所得税が課税されます。税率は所得税15%、復興特別所得税0.315%、住民税5%を合計した20.315%です。

なお、譲渡益は「売却額 − 取得費 − 譲渡費用」の計算式で算出します。もし株式の取得費が不明な場合は、売却額の5%を「概算取得費」として計算することも可能です。

この税金は申告分離課税として扱われ、株主自身が確定申告を行い納税しなくてはなりません。特に非上場株式の売却では確定申告が必須となるため、注意が必要です。

法人株主の場合

株主が法人の場合、株式譲渡によって得た利益は法人の「益金」として扱われ、ほかの事業利益と合算したうえで法人税等の課税対象となります。適用される実効税率は法人の規模などによって異なりますが、実効税率ベースでおよそ30%から40%程度です。

なお、譲渡益の計算は「売却額 − 帳簿価額（簿価） − 譲渡費用」で行います。

法人株主は個人の場合と異なり、譲渡によって損失が出た場合は「損金」として処理でき、他の利益と相殺することが可能です。さらに、繰越欠損金などの制度を活用できれば、法人税額を抑えられる可能性もあります。

株式売却代金の領収書に対する印紙税

株式譲渡契約書そのものには、原則として印紙税は課されません。しかし、株式の売却代金を受け取った際に「領収書」を発行する場合、その領収書に対しては印紙税が必要です。印紙税額は領収書に記載された金額に応じて変動します。

参考：No.7140 印紙税額の一覧表（その1）第1号文書から第4号文書まで｜国税庁

印紙税は、電子契約システムを利用して領収書を電子データで交付した場合には課税されません。株式譲渡契約書と領収書を別書面にしておくと、印紙税の対象範囲が限定できます。

また、不動産を譲渡するケースとは異なり、株式の売却に不動産取得税は発生しない点も覚えておくと良いでしょう。その他、売買契約書の体裁や交付方法が税務上の扱いに影響を及ぼすため、事前の確認が大切です。

自己株式の取得による「みなし配当」への課税

会社が株主から自己株式を取得する形で対価を支払う場合、税務上「みなし配当」が発生することがあります。みなし配当とは、取得の対価として支払われた金額のうち、その会社の資本金等の額を超える部分を、通常の配当と同じように「配当所得」として扱う制度です。

個人株主の場合、このみなし配当部分は総合課税の対象となり、所得額に応じて最大で約55%という高い税率が適用される可能性があります。一方、株主が法人である場合は「受取配当等の益金不算入制度」の適用を受けられ、原則として一定割合が課税対象から除外されます。

事業譲渡による会社売却で発生する税金

事業譲渡は、会社の一部または全部の事業を売却する手法です。

この手法では、売却益に対して法人税が課されるほか、譲渡する資産の種類に応じて、消費税や不動産取得税など、さまざまな税金が発生する可能性があります。

法人側（売り手）に発生する法人税・消費税

事業譲渡によって資産を売却した法人（売り手）には、その譲渡益に対して法人税等が課されます。譲渡益は、売却による収入から資産の簿価や譲渡費用を差し引いて計算され、法人の課税所得に加算される仕組みです。税率は実効税率で約30%から40%が目安です。

また、譲渡対象に建物や備品、在庫などの課税資産が含まれる場合、消費税も発生します。消費税を直接負担するのは買い手側であり、売り手は預かった消費税を税務署へ納付する形をとります。なお、土地の譲渡は非課税取引にあたるため、消費税はかかりません。

その他の税金

事業譲渡では、たとえ事業を一括で譲渡したとしても、税務上は資産一つひとつが個別に売買されたものとして扱われます。そのため、資産の種類ごとに適用される税金や会計処理が異なり、注意を要します。

特に、譲渡対象に不動産や「のれん」が含まれるケースでは、税負担の計算や実務上の手続きが複雑化しやすいです。専門家を交えた事前の確認が欠かせません。

印紙税

事業譲渡に際して作成される「事業譲渡契約書」や、代金の「領収書」には、記載された金額に応じた印紙税が課されます。

税負担を抑える方法としては、電子契約の活用が有効です。電子データで契約を締結する場合は印紙税は非課税となるため、節税の手段として検討する価値があるでしょう。

不動産取得税・登録免許税

譲渡対象に不動産が含まれている場合、買い手側には不動産取得税と登録免許税が課税されます。

不動産取得税は、取得した不動産の課税標準額に対して原則4%（軽減措置あり）の税率で課され、都道府県に納付します。一方、登録免許税は、所有権移転登記を行う際に法務局に納める税金です。

これらの税金は原則として買い手が負担しますが、契約交渉によっては売り手が一部を負担するケースもあります。事前に負担割合を明確にしておくことが大切です。

譲渡対象にのれんが含まれる場合の税金

のれん（営業権）とは、企業のブランド力や技術、顧客との関係性といった目に見えない無形の価値を指すものです。事業譲渡において「のれん」が資産として評価されると、売り手側では譲渡益の一部とみなされ、法人税の課税対象となります。

買い手側では、取得したのれんを5年間で均等に償却（費用計上）できるため、税務上のメリットを受けられます。もっとも、のれんの評価額が不当に高いと税務調査で否認されるリスクもあるため、適切な評価と証拠資料が不可欠です。

会社売却で活用できる税金対策

会社売却で得られる利益を最大化するためには、税金対策が欠かせません。M&Aのスキームや制度をうまく活用することで、課税額を大幅に抑えられる可能性があります。ここでは、代表的な税金対策として、以下の5つの手法を紹介します。

• 会社分割を併用する
• 役員退職慰労金を支払う
• 第三者割当増資を活用する
• 概算取得費の特例を活用する
• 配当控除を活用する

それぞれ見ていきましょう。

会社分割を併用する

会社分割とは、事業の一部を切り出して新設会社または既存の会社に移転する組織再編の手法です。会社分割を会社売却と組み合わせることで、税負担を軽減できる場合があります。

一定の要件を満たす「適格分割」に該当すれば、資産の移転に伴う譲渡損益が発生しないため、法人税が課税されません。さらに、消費税や不動産取得税も非課税となるメリットがあります。ただし、株主に対して株式が交付される分割型分割では「みなし配当」の扱いに注意が必要です。

また、繰越欠損金の引き継ぎは原則としてできませんが、税制適格要件を満たせば制限付きで可能になります。組織再編税制の適用には厳格な要件があるため、専門家と共に入念な事前確認が不可欠です。分割後の登記や労働契約の承継に関する法的手続きにも注意を要します。

役員退職慰労金を支払う

オーナー経営者が会社売却のタイミングで、株式売却の対価の一部を役員退職慰労金として受け取ることで、会社売却にかかる税金を軽減できる可能性があります。

なぜなら、役員退職慰労金として受け取った部分は、「退職所得」として扱われ、株式の譲渡所得・給与所得などに比べて税制上優遇されるためです。具体的には、勤続年数に応じた「退職所得控除」が適用されるほか、控除後の金額をさらに2分の1にしてから税率をかけるため、所得税・住民税の負担を軽減できる可能性があります。

ただし、退職金の金額が役員の在任期間や功績に照らして不相当に高額であると判断された場合、その超過分は損金として認められないことがあります。株式の譲渡益とのバランスを考慮し、最適な配分を検討することが重要です。

第三者割当増資を活用する

第三者割当増資は、買い手となる企業に新株を発行して、引き受けてもらう手法です。これにより、買い手は対象会社の経営権を取得します。

この方法の最大のメリットは、既存株主が直接株式を売却するわけではないため、譲渡益が発生せず、株主個人に対する所得税（分離課税20.315%）や法人株主に対する法人税（約30〜40%）が課税されない点です。払い込まれた資金は会社の資本となるため、財務体質の強化や事業投資にも活用できます。

ただし、新株を発行すると既存株主の持株比率が低下（希薄化）する点に留意しておきましょう。また、増資そのものに税金はかかりませんが、資本金の額によっては法人住民税の均等割が増加する可能性があります。税務リスクを避けるためにも、公正な株価算定が欠かせません。

概算取得費の特例を活用する

個人株主のみ適用できる「概算取得費の特例」とは、売却する株式の取得費がわからない場合や、実際の取得費よりも有利になる場合に、譲渡価格の5%を取得費として計上できる制度です。取得費が明確にわかっている場合でも、概算取得費を適用した方が有利であれば選択できます。

概算取得費の特例が有効なのは、創業時から長年保有している非上場株式など、取得費の証明が難しいケースです。実際の取得費が譲渡価格の5%未満である場合でも、特例を使うことで譲渡所得を圧縮し、結果として所得税や住民税の負担を軽減できるでしょう。

ただし、譲渡価格が高額な場合にこの特例を適用すると、税務調査の対象となる可能性があります。譲渡契約書や株式評価の資料などを整備し、計算根拠を明確に示せるようにしておくことが望ましいでしょう。

配当控除を活用する

配当控除は、法人から受け取った配当金を確定申告する際に、総合課税を選択することで適用できる税額控除制度です。

通常、配当所得は源泉徴収によって納税が完了しますが、あえて総合課税で申告することで、所得税額から最大10%、住民税額から最大2.8%の控除を受けられます。これにより、源泉徴収された税金の一部が還付される可能性があります。また、他の所得（事業所得や不動産所得など）で赤字がある場合には、損益通算ができる点もメリットです。

ただし、配当控除を適用するためには確定申告が必要で、その際には証券会社から送付される支払通知書や年間取引報告書といった書類を添付しなければなりません。

まとめ

会社売却における税金は、株式譲渡や事業譲渡といったスキームによって、所得税や法人税などの税率・計算方法が大きく異なります。役員退職金の活用や会社分割など、適切な税金対策を講じることが手取り額の最大化に直結します。

複雑な税務を適切に実施し、会社売却時の最終利益を最大化するには、専門家への相談がおすすめです。

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