株式譲渡と事業譲渡に関わる税金を比較 スキームごとの節税対策についても紹介

株式譲渡と事業譲渡にかかる税金の比較

株式譲渡と事業譲渡は対象や課税の仕組みが異なり、発生する税金にも違いがあります。
ここでは両者を比較し、それぞれの特徴を解説します。

株式譲渡

株式譲渡では株主に課税が行われ、個人か法人かで税金の種類や計算方法が異なります。
そこで、それぞれの違いや、具体的な税額の計算例を見ていきましょう。

個人株主の場合

株式譲渡を行い個人株主が利益を得た場合、その所得は「譲渡所得」として分離課税の対象となります。
課税される内訳は、所得税15%、住民税5%、そして復興特別所得税0.315%で、合計20.315%の税率が一律に適用されます。

なお、株式譲渡にかかる所得税は、総合課税のように給与所得など他の所得と合算されることはないため、利益が大きくても税率は一定です。

【例：株式を2,000万円で売却し、取得費が1,000万円の場合】
①譲渡益は2,000万円（売却額）-1,000万円（取得費）＝1,000万円
②譲渡益は「譲渡所得」として課税対象
課税額は1,000万円（譲渡益）×20.315%（課税率）＝約203万円となる

一方で、譲渡によって損失が生じた場合には救済措置もあり、他の株式取引で得た利益と損益通算することが可能です。
さらに、損失を繰り越して翌年以降の所得から控除する「繰越控除」の制度も用意されており、状況に応じて税負担の軽減が期待できます。

法人株主の場合

法人が株式を譲渡した場合、その譲渡益は法人税の課税対象です。
譲渡益は「益金」として収益に計上され、事業活動による他の収益と合算して課税所得に含まれます。

法人税の実効税率は中小法人でおおよそ30%程度とされており、株式譲渡益が発生すると、その金額に対してこの税率が課されることになります。
個人株主のように分離課税で一律税率が適用されるのとは異なり、法人は全体の収益と合算されるため、経営全体の収益状況によって税負担の重さが変わる仕組みです。

【例：株式を5,000万円で売却し、取得費が3,000万円の場合】
①譲渡益は5,000万円（売却額）-3,000万円（取得費）＝2,000万円
②この場合、法人税等の負担額は、概算で2,000万円×30%＝約600万円

また、法人が株主の場合には、過去の欠損金を最大10年間繰り越して所得から控除することが可能です。
この制度を活用すれば、株式譲渡益が出た場合でも課税所得を圧縮できるため、法人税の負担を大きく軽減できる可能性があります。

事業譲渡

事業譲渡では、売り手と買い手の双方に課税が発生します。
資産や契約を承継する仕組み上、株式譲渡とは異なる税務上の特徴があります。

事業譲渡における売り手への課税について

売り手が法人の場合、事業譲渡によって得た収益は法人税の課税対象となり、約30%の法人税が課されます。

【例：譲渡する資産・負債の簿価の合計額が1億円、事業の売却によって得た資金が3億円の場合】
①譲渡益は3億円（事業売却益）-1億円（資産・負債の合計）＝2億円
②法人税額は2億円×約30%＝6,000万円となる

これは株式譲渡の課税と同様ですが、繰越欠損金がある場合にはその範囲内で譲渡益を相殺することが可能です。

さらに、事業譲渡では、資産の移転に伴い消費税も発生します。
土地を除く有形資産や棚卸資産、営業権などが課税対象となり、10%の消費税を売却時に買い手へ請求することになります。

例えば、消費税の課税対象資産を1億円で譲渡した場合、1,000万円の消費税を買い手から受け取りますが、この金額は売り手が決算時に税務署へ納税しなければなりません。
したがって、事業譲渡を行う際には法人税だけでなく、消費税の資金繰りにも十分注意を払う必要があります。

事業譲渡における買い手への課税について

事業譲渡の買い手には消費税や不動産取得税、登録免許税が課されます。

消費税については、課税対象資産の譲渡を受ける際に売り手から10%の消費税額を請求され、これを支払うことになります。
ただし土地については、消費税は非課税です。

さらに、譲渡資産に建物や土地が含まれる場合には、原則として固定資産税評価額の4%にあたる不動産取得税が発生します。

加えて、移転登記の際には登録免許税がかかります。
所有権移転登記の場合は評価額の2%、抵当権設定登記は0.4%など、登記の種類によって税率が異なるため、事前に確認しましょう。

株式譲渡と事業譲渡における節税対策

株式譲渡や事業譲渡においては、適切な節税対策を講じることで、税負担をある程度抑えることが可能です。
ただし、こうした節税策には一定の条件や制約があり、無理に適用しようとすると、後の税務調査などでリスクが生じかねません。

したがって、節税対策を検討する際は必ず税理士などの専門家に相談し、自社の状況に合った方法を選ぶことが重要です。
それを踏まえたうえで、ここでは多くのケースで実際に用いられている、代表的な節税策について解説します。

株式譲渡

株式譲渡に関する主な節税対策として、次の3点を紹介します。

• 事業承継税制を活用する
• 対価の一部を退職金として受け取る
• 起算取得費の特例を活用する

事業承継税制を活用する

親族内での株式承継を贈与や相続によって行う場合、原則として贈与税や相続税が課税されますが（2025年8月26日時点）、「事業承継税制」の適用要件を満たせば、これらの税金の納税を猶予または免除することが可能です。

ただし、この制度を利用するためには、認定支援機関の関与や計画書の作成をはじめ複数の条件をクリアしなければなりません。
十分な準備を欠くと制度を利用できないリスクもあるため、事前に要件を確認し、専門家の助言を受けながら慎重に活用することが求められます。

参考：法人版事業承継税制｜国税庁

対価の一部を退職金として受け取る

株式譲渡に伴い経営者が会社を退任する場合、譲渡対価の一部を退職金として受け取る方法があります。

退職金は「退職所得」として扱われるため、勤続年数に応じた退職所得控除が適用されます。
さらに、控除後の金額が2分の1に圧縮されたうえで課税対象となるため、他の所得と比べると大幅に税負担を軽減することが可能です。
また、退職金の支払いは損金に算入できるため、支払う法人側にとっても法人税の節税につながります。

ただし、支給する退職金の額は、税法や通達によって限度額が定められているため、決定する際には注意が必要です。
過大な支給は否認される恐れがあるため、実際に実行する際は税理士などの専門家に相談し、適正な範囲で計画的に行わなければなりません。

概算取得費の特例を活用する

個人株主が株式を売却する際、取得費が不明な場合には譲渡価額の5%を取得費とみなせる「概算取得費の特例」があります。
この制度は、取得費が判明している場合でも選択して利用することが可能です。

したがって、実際の取得費が譲渡価額の5%未満である場合には、概算取得費を用いることで譲渡益を圧縮し、所得税や住民税の負担を軽減することが可能になります。

事業譲渡（売り手側）

事業譲渡の売り手側は、次のような方法を用いて、譲渡益にかかる税金を軽減できます。

• 役員退職慰労金を活用する
• 諸経費を活用して利益を圧縮する

役員退職慰労金を活用する

事業譲渡を契機に役員が退任する場合には、退職慰労金を支給することが可能です。
退職慰労金は、会社にとって損金として算入し、法人税の課税所得を減らす効果があるため、譲渡によって発生した臨時的な利益を相殺する手段としても非常に効果的です。

一方、受け取る側にとっても、退職慰労金は「退職所得」として課税され、上述のように勤続年数に応じた控除などが適用されるため、通常の給与所得や譲渡所得よりも税負担が軽減することができます。

こうしたことから、退職慰労金の支給は、会社側にも役員側にも節税メリットの多い方法だといえるでしょう。
ただし、過大な支給は税務上否認されるリスクもあるため、金額を決定する際には注意しなければなりません。

諸経費を活用して利益を圧縮する

事業譲渡によって得られた利益は、その年度の法人税の課税対象となります。
しかし、同じ年度内に広告宣伝費や設備投資などの必要経費を計上すれば、利益を圧縮し課税所得を減らすことが可能です。

さらに、決算賞与を支給して従業員に還元することも有効な節税策といえるでしょう。
こうした諸経費を適切に活用すれば、法人税の課税所得が減少するため、支払う税額を抑える効果が期待できます。

加えて、事業の成長や組織力の強化につながる支出であれば、一石二鳥のメリットを享受できます。
ただし、単に税金を減らす目的だけで無駄な経費を計上すると、資金繰りを悪化させるリスクがあるため、その点には注意しなければなりません。

事業譲渡（買い手側）

事業譲渡の買い手側は、以下の方法で税負担の軽減を図れます。

• 「のれん」を償却費として損金算入する
• 中小企業等経営強化法の特例措置を活用する

「のれん」を償却費として損金算入する

事業譲渡では、ブランド力や顧客基盤といった目に見えない事業価値が「のれん」として計上されます。
具体的には、譲受価額が純資産を上回る部分がのれんに相当します。

法人税法上、こののれんは資産調整勘定として扱われ、原則5年間で均等償却することが可能です。
したがって、償却費として毎年損金に算入できるため、課税所得を一定期間にわたり圧縮する効果が期待できます。

その結果、将来的に利益が見込まれる事業を譲り受けた場合でも、税負担を抑えつつ経営統合を進められる点が買い手にとって大きなメリットといえるでしょう。

中小企業等経営強化法の特例措置を活用する

中小企業等経営強化法とは、生産性の向上を図る中小企業に対し、税制や金融面での優遇措置を与える制度です（2025年8月26日現在）。
この制度を事業譲渡における不動産取得に活用すれば、不動産取得税や登録免許税の負担を軽減することが望めます。
ただし、適用を受けるためには「経営力向上計画」を策定し、所轄官庁から認定を受けなければなりません。

認定を受ければ、土地にかかる不動産取得税については課税標準の1/6が控除され、登録免許税の税率は通常2%のところ1.5%へ軽減されます。
さらに建物についても、登録免許税が通常2%から1.6%に引き下げられる特例が適用されます。

これにより、事業譲渡で不動産を取得する際の初期コストを抑えることができるため、資金面での余裕を持ちながら事業の引継ぎを進めることが可能です。

参考：中小企業等経営強化法に基づく 支援措置活用の手引き （令和7年度税制改正対応版）

まとめ

株式譲渡と事業譲渡は、共に有力なM&Aスキームですが、課税対象や税率には大きな違いがあります。
どの方法を選ぶかによって税負担は大きく変わり、節税の方法も大きく変わるため、事前のタックスプランニングは必須です。

ただし、過剰な節税はリスクも伴うため、経験豊富な専門家に相談しながら進めることが重要です。

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