株式等保有特定会社とは？ 判定基準・S1＋S2方式と事業承継での注意点などをわかりやすく解説

株式等保有特定会社とは

株式等保有特定会社とは、課税時期（相続の場合は被相続人が亡くなった日、贈与の場合は贈与により財産を取得した日）において、会社の総資産の価額（相続税評価額）のうち、株式・出資・新株予約権付社債（以下「株式等」）の価額の合計額が50％以上を占める会社をいいます。ただし、他の特定の評価会社との関係で株式等保有特定会社に該当しない場合があります。

国税庁の財産評価基本通達に定められた「特定の評価会社」の一つで、実務では「株特（かぶとく）」と略して呼ばれることもあります。「株式保有特定会社」と表記されることもありますが、通達上の名称は「株式等保有特定会社」です。なお、土地保有特定会社など他の特定の評価会社にも該当する場合は、通達に定められた優先関係に従って区分が判定されます。

典型的な例としては、次のような会社が挙げられます。

• 事業会社の株式を保有することを主な役割とする持株会社（ホールディングス）
• 余剰資金を上場株式などで運用し、株式等の保有額が大きくなっている会社
• 本業を縮小する一方、過去に取得した関係会社株式が資産の多くを占めている会社

なお、この区分は相続税・贈与税の計算上のものであり、会社法や法人税法上の区分ではありません。

なぜ特別な評価ルールが設けられているのか

非上場株式の評価で用いられる類似業種比準方式は、類似する事業を営む上場会社の株価と比較して評価する方法です。資産の大半が株式である会社は、実態としては「株式を保有するための器」に近く、事業会社である上場会社と比べて評価することにはなじみません。

また、個人が株式を直接保有すれば、その株式はそれぞれの評価ルールで評価されます。ところが、会社を通じて保有し、その会社を類似業種比準方式で評価すると、評価額が大幅に下がる場合があります。これを放置すれば、株式を会社に移すだけで相続税の負担を軽くできることになり、課税の公平が損なわれてしまいます。

そこで、株式等の保有割合が一定以上の会社については、会社の規模にかかわらず、保有する資産の価値を直接反映する純資産価額方式を基本として評価することとされています。

株式等保有特定会社に該当するかどうかの判定

ここでは、何を基準に判定するのか、判定の際にどのような点に注意すべきかを整理して解説していきます。

• 判定の基準
• 判定対象となる「株式等」の範囲
• 判定の際に注意すべきポイント

判定の基準

判定は、次の算式で求めた株式等保有割合が50％以上かどうかで行います。

かつては会社規模によって税務上の判定基準が異なっていましたが、現在は大会社・中会社・小会社の区分にかかわらず、50％以上であれば株式等保有特定会社に該当します。

計算例：株式等保有割合の判定

例えば、課税時期における資産の状況が次のような会社を考えます。

• 子会社株式：相続税評価額4億円（帳簿価額5,000万円）
• 投資有価証券（上場株式）：相続税評価額2億円（帳簿価額1億5,000万円）
• その他の資産（現預金、土地、建物など）：相続税評価額4億円（帳簿価額4億円）

この場合の株式等保有割合は、次のとおりです。

50％以上となるため、この会社は株式等保有特定会社に該当します。帳簿価額で計算すると株式等の割合は約33％（2億円÷6億円）にとどまりますが、判定には子会社株式と投資有価証券（上場株式）を財産評価基本通達で評価し直した価額を用いるため、決算書の数字だけでは判断できない点に注意が必要です。

判定対象となる「株式等」の範囲

判定の基礎となる「株式等」には、所有目的や所有期間にかかわらず、会社が保有する株式、出資、新株予約権付社債のすべてが含まれます。国税庁の質疑応答事例では、主に次のような整理が示されています。

「株式等」に含まれるもの

上場株式、非上場株式（子会社・関連会社株式を含む）、外国株式、法人に対する出資、新株予約権付社債、株式制のゴルフ会員権、証券会社が商品として保有する株式

「株式等」に含まれないもの

匿名組合の出資、証券投資信託の受益証券

このように、同じ有価証券でも種類によって判定上の扱いが異なります。貸借対照表の「有価証券」、「投資有価証券」の金額だけで判断せず、内訳を確認することが大切です。個別の資産が株式等に該当するかどうか判断が難しい場合には、税理士等の専門家に確認することをお勧めします。

判定の際に注意すべきポイント

判定にあたって、実務上注意すべき主なポイントは、以下の4つが挙げられます。

• 帳簿価額ではなく相続税評価額で判定する
• 課税時期の資産構成で判定する
• 他の特定の評価会社との優先順位がある
• 合理的な理由のない資産構成の変動は考慮されない

それぞれについて、詳しく説明していきます。

帳簿価額ではなく相続税評価額で判定する

株式等保有割合は、各資産を財産評価基本通達に基づいて評価し直した価額で判定します。長年保有している子会社の業績が伸び、その株式の評価額が大きく上昇している場合には、帳簿上は株式の割合が小さくても、判定では50％を超えることがあります。

課税時期の資産構成で判定する

判定は、相続や贈与が行われた時点の資産構成に基づいて行います。前期末には該当していなかった会社でも、その後の株価の上昇や資産の売却などによって、課税時期には該当していることもあります。

他の特定の評価会社との優先順位がある

特定の評価会社には、株式等保有特定会社のほかに、土地保有特定会社や開業後3年未満の会社などがあります。複数の区分に該当する場合の優先順位が定められており、例えば、土地保有特定会社にも該当する会社は、土地保有特定会社として評価します。

合理的な理由のない資産構成の変動は考慮されない

財産評価基本通達では、課税時期前に合理的な理由もなく資産構成が変動し、その変動が株式等保有特定会社と判定されることを免れるためのものと認められる場合には、その変動はなかったものとして判定することとされています。この点は、後述する「株特外し」を考えるうえで重要なポイントとなります。

株式等保有特定会社に該当すると
株価評価はどう変わるのか

株式等保有特定会社に該当すると、会社規模に応じた通常の評価方法ではなく、特別な方法で評価することになります。

• 通常の非上場株式評価との違い
• 相続・贈与時の自社株評価や税負担への影響

通常の非上場株式評価との違い

通常の会社（原則的評価方式）と株式等保有特定会社における株式評価等の違いを比較表にすると以下のとおりです。

大会社や中会社では、通常は類似業種比準方式の比重が高く、純資産価額方式に比べて評価額が低くなることが多くあります。株式等保有特定会社に該当すると、この類似業種比準方式を会社全体には用いることができなくなるため、評価額が大きく上昇する場合があります。

相続・贈与時の自社株評価や税負担への影響

評価額の上昇は、相続税・贈与税の負担に直結します。例えば、それまで類似業種比準方式で1株当たり3,000円程度と見込んでいた会社が株式等保有特定会社に該当し、1株当たり7,000円程度で評価されることになれば、同じ株数でも課税価格は2倍以上になります。

影響は税額にとどまりません。後継者が株式を相続する場合の納税資金の確保や、生前贈与の計画、事業承継税制の活用を含めた承継の進め方にも、見直しが必要になることがあります。一方、同族株主以外の少数株主が取得した株式は、株式等保有特定会社であっても、原則として配当還元方式で評価されるため、影響を受けるのは主に後継者などの同族株主等です。

株式等保有特定会社の評価方法

株式等保有特定会社の株式は、同族株主等が取得した場合、「純資産価額方式」または「S1＋S2方式」のいずれかで評価します。どちらを用いるかは納税者が選択できるため、実務では両方の方式で計算し、評価額の低い方を採用するのが一般的です。ここでは「純資産価額方式」または「S1＋S2方式」について、それぞれ解説していきます。

• 純資産価額方式
• S1＋S2方式
• 実務ではどのように判断するのか

純資産価額方式

純資産価額方式は、会社の資産と負債を相続税評価額に洗い替え、その差額から評価差額に対する法人税額等相当額（2026年4月1日以後に相続・遺贈・贈与により取得した株式については38％、それより前の取得分は37％）を控除して評価する方法です。株式等保有特定会社の株式を評価する際の基本となる方法です。

純資産価額方式の概要、算定イメージ、メリット・デメリットをまとめると以下のとおりです。

株式を取得した人とその同族関係者の議決権割合が50％以下の場合には、純資産価額の80％で評価します。また、会社が保有する非上場株式（子会社株式など）を純資産価額方式で評価する際には、その子会社の評価差額に対する法人税額等相当額は控除しないこととされています。持株会社の評価額が高くなりやすい理由の一つです。

S1＋S2方式

次にS1＋S2方式とは、株式等保有特定会社の資産を、株式等とそれ以外の資産に分けて評価し、合計する方法をいいます。

S1＋S2方式の概要、算定イメージ、メリット・デメリットをまとめると以下のとおりです。

株式を多く保有していても、本業として事業を営んでいる会社であれば、その事業部分まで一律に純資産価額方式で評価すると、会社の営業実態が十分に反映されない場合があります。そのため、S1＋S2方式では、事業部分と株式等の部分を分けて評価します。

S1の金額

S1は、会社が株式等を保有していないものとして、会社規模に応じた原則的評価方式で評価する部分です。

中会社の場合には、類似業種比準価額と純資産価額を一定割合で組み合わせて計算します。このとき使用する割合を「Lの割合」といいます。

例えば、Lの割合が0.75の場合、以下のように評価します。

類似業種比準価額75％＋純資産価額25％

なお、Lの割合は会社規模等によって決まり、会社が自由に選択するものではありません。

S2の金額

S2は、会社が保有する株式等の部分を純資産価額方式に準じて評価した金額です。株式等に含み益がある場合には、その評価差額に対する法人税額等相当額を控除して計算します。

計算例：純資産価額方式とS1＋S2方式の比較

ここでは、前述の判定の計算例とは別の会社を前提に、簡単な例で比較してみましょう。端数処理などは省略しています。

株式等

相続税評価額6億円、帳簿価額4億円

株式等以外の資産

相続税評価額4億円（帳簿価額も4億円で、含み損益なし）

負債

2億円

発行済株式数

10万株

会社規模

中会社（Lの割合0.75）

修正後の類似業種比準価額

1株1,000円

法人税額等相当額

評価差額の38％

まず、通常の純資産価額方式では、株式等の含み益2億円に対する法人税額等相当額7,600万円（2億円×38％）を控除し、純資産価額は7,240円となります。

次に、S1＋S2方式で計算します。

株式等以外の部分の純資産価額は、2,000円となります。

S1の純資産価額は、株式等を除いた資産から負債の全額を控除して計算します。

Lの割合が0.75なので、S1は、1,250円となります。

株式等の部分であるS2は、5,240円となります。

したがって、S1＋S2は6,490円となります。

この例では、

純資産価額方式：7,240円

S1＋S2方式：6,490円

となり、S1＋S2方式の方が低い評価額となります。

これは、株式等以外の事業部分について、純資産価額だけでなく類似業種比準価額を反映できるためです。

ただし、S1＋S2方式が必ず有利になるわけではありません。会社規模や収益力、保有する株式等の金額などによって結果は異なるため、実際の評価では純資産価額方式とS1＋S2方式の双方を計算して比較することが重要です。

実務ではどのように判断するのか

実務では、まず課税時期の資産構成をもとに株式等保有割合を試算し、株式等保有特定会社に該当するかを確認します。該当する場合には、純資産価額方式とS1＋S2方式の両方で評価額を計算し、低い方を選択します。

また、株式等保有割合が50％前後で推移している会社では、子会社の業績や株式市場の動向によって、年ごとに該当・非該当が入れ替わることもあります。事業承継の計画を立てる際には、1回の試算で判断するのではなく、将来の資産構成の見通しも踏まえて評価額の推移を確認しておくことが重要です。

「株特外し」とは

株特外しとは、株式等保有特定会社に該当している会社について、資産構成が変わることにより株式等保有割合が50％未満となり、株式等保有特定会社に該当しなくなることを指す通称です。該当しなくなれば、会社規模に応じた通常の評価方法が適用されるため、類似業種比準方式を用いることができ、評価額が下がる場合があります。

• どのような考え方なのか
• 検討する際の注意点とリスク

どのような考え方なのか

株式等保有割合は、総資産に占める株式等の割合で判定します。そのため、事業の拡大に伴って設備や事業用資産が増えるなど、株式等以外の資産の比重が高まれば、判定結果は変わり得ます。

ここで重要なのは、資産構成の変化に合理的な事業上の理由があるかどうかも含め、個別の事情に基づいて判断されるという点です。株式等保有割合が50％を下回ったという結果だけで評価方法が決まるわけではないため、形式的な比率の調整で判断しないことが大切です。特に、相続税の負担を軽くすることを主な目的として、課税時期の直前に資産構成を一時的に変えるような行為には、慎重な検討が必要です。

検討する際の注意点とリスク

株特外しを検討する際の主な注意点とリスクは、以下の5つが挙げられます。

• 資産構成の変動がなかったものとして判定される可能性がある
• 財産評価基本通達によらない評価が行われる可能性がある
• 他の特定の評価会社に該当する可能性がある
• 会社の財務や事業に悪影響が生じる可能性がある
• 資産の組み換えに伴って税負担が生じる可能性がある

それぞれについて、詳しく説明していきます。

資産構成の変動がなかったものとして判定される可能性がある

前述のとおり、財産評価基本通達では、合理的な理由のない資産構成の変動が、株式等保有特定会社と判定されることを免れるためのものと認められる場合には、その変動はなかったものとして判定するとされています。課税時期の直前に、事業上の必要性が乏しいまま資産を組み換えたような場合には、この定めにより、株式等保有特定会社として評価される可能性があります。

財産評価基本通達によらない評価が行われる可能性がある

財産評価基本通達には、通達の定めによって評価することが著しく不適当と認められる財産の価額は、国税庁長官の指示を受けて評価するという定め（いわゆる総則6項）があります。個別の事情によっては、通達に沿った評価によることが「著しく不適当」と認められ、この定めの適用が問題となる可能性があります。租税負担を軽減する意図があるかどうかだけで機械的に決まるものではなく、通達による評価を用いることが租税負担の公平に与える影響なども含めて、個別に判断されます。

他の特定の評価会社に該当する可能性がある

株式等以外の資産として不動産の比重が高まった結果、土地保有特定会社に該当することがあります。この場合、評価方法は原則として純資産価額方式のままとなり、S1＋S2方式の選択もできなくなります。また、純資産価額方式では、課税時期前3年以内に取得・新築した土地等や家屋等は、原則として通常の取引価額に相当する金額で評価されるため、評価額を下げる効果が得られないこともあります。

会社の財務や事業に悪影響が生じる可能性がある

評価額の引下げを優先して資産の組み換えを行うと、借入金の増加による財務体質の悪化や、事業に必要のない資産の保有といった問題が生じることがあります。相続税の負担を抑えられたとしても、会社の経営に悪影響が及んでは本末転倒です。

資産の組み換えに伴って税負担が生じる可能性がある

保有する株式を売却して資産構成を変える場合には、売却益に対して法人税等が課されます。評価額が下がる効果と、実行に伴うコストや税負担を比較したうえで判断しなければなりません。

株式等保有特定会社への対応は、評価額の引下げだけを目的とするのではなく、事業上の合理性を前提に、会社の将来像や承継の方針と一体で検討すべきものです。検討にあたっては、税理士等の専門家に相談することが重要です。

事業承継を考える際に注意したいこと

株式等保有特定会社の問題は、事業承継の進め方と密接に関わります。ここでは、該当する可能性がある場合に経営者が事前に確認しておくべきことと、実務上の勘所を整理します。

• 経営者が事前に確認しておくべきこと
• 持株会社を活用する場合の注意点
• 相続・贈与や親族内承継を検討する際の実務上の勘所

経営者が事前に確認しておくべきこと

株式等保有特定会社に該当する可能性がある場合、経営者が事前に確認しておくべき主な事項は、以下のとおりです。

• 自社の株式等保有割合（相続税評価額ベース）が現在どの程度か
• 子会社や保有株式の評価額が、今後どのように推移しそうか
• 株式等保有特定会社に該当する場合と該当しない場合で、自社株の評価額にどの程度の差があるか
• 後継者が株式を取得する場合の相続税・贈与税の負担と、納税資金の見通し

特に、帳簿価額で判断して「うちは該当しない」と思い込んでいるケースは少なくありません。まずは相続税評価額ベースで現状を把握することが出発点となります。

持株会社を活用する場合の注意点

事業承継の手法として、持株会社を設立し、その持株会社が事業会社の株式を保有する形に移行するケースがあります。持株会社は、資産の大半が事業会社の株式となりやすいため、株式等保有特定会社に該当する可能性が高い点に注意が必要です。

持株会社化には、グループ経営の効率化や、後継者への株式の集約といった経営上の意義があります。一方で、移行後に持株会社自体の株式の評価額がどうなるかは、事前に試算してみなければ分かりません。持株会社化を検討する際には、組織再編の手続きや税務上の取扱いとあわせて、承継後の自社株評価への影響も確認しておくことが重要です。

相続・贈与や親族内承継を検討する際の実務上の勘所

株式等保有特定会社に該当する会社で親族内承継を進める場合、実務上は次のような点が検討のポイントとなります。

• 該当するかどうかは課税時期ごとに判定されるため、贈与を行う時期の資産構成を確認しておく
• 純資産価額方式とS1＋S2方式の両方で評価額を試算し、評価額の水準を把握したうえで、株式を移転する時期や方法を検討する
• 評価額が高くなる場合には、生前贈与や相続時精算課税制度、事業承継税制など、税負担を平準化・軽減する制度の活用可否を検討する（事業承継税制は、会社の資産の状況などによって適用を受けられない場合があるため、要件を事前に確認する）
• 後継者以外の相続人との遺産分割のバランスや、納税資金の確保策もあわせて検討する

株式等保有特定会社への対応は、評価の問題だけでなく、承継の時期、方法、納税資金、後継者以外の相続人への配慮といった論点と一体で考える必要があります。

まとめ

株式等保有特定会社とは、総資産（相続税評価額）に占める株式等の割合が50％以上の会社をいい、相続・贈与の際の自社株評価では、会社規模に応じた通常の評価方法ではなく、純資産価額方式またはS1＋S2方式によって評価します。類似業種比準方式を会社全体に用いることができないため、通常の評価と比べて評価額が大きく上昇する場合があります。

判定は帳簿価額ではなく相続税評価額で、課税時期の資産構成に基づいて行います。持株会社や株式等を多く保有する会社では、経営者が気づかないうちに該当していることもあるため、まずは現状を正しく把握することが重要です。

いわゆる「株特外し」については、合理的な理由のない資産構成の変動は判定上考慮されない場合があるほか、別の特定の評価会社に該当するリスクや、会社の財務への影響もあります。自社が該当するかどうか、評価額にどのような影響があるか、どのように対応するかを一体で考え、弁護士、公認会計士、税理士、M&Aの専門家等に相談しながら事業承継の準備を進めることをお勧めします。

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